Комесаријат за избеглице, као посебна организација у систему државне управе, основан је Законом о избеглицама 1992. године за обављање стручних и других послова који се односе на збрињавање, повратак и интеграцију избеглица утврђене овим законом и с њима повезане управне послове. Усвајањем Закона о управљању миграцијама 2012, наставља рад под називом Комесаријат за избеглице и миграције у складу са надлежностима утврђеним овим законом и другим законима. Широк је спектар делатности којим се бави Комесаријат. У својој основној мисији помаже избеглицама из сукоба 1991-1995, интерно расељеним са Косова и Метохије, трага за несталима у ратовима са простора бивше СФР Југославије, ради на реинтеграцији повратника по споразуму о реадмисији, обезбеђује прихват и смештај за тражиоце азила и
стара се о интеграцији лица којима је одобрена међународна заштита.