Komesarijat za izbeglice, kao posebna organizacija u sistemu državne uprave, osnovan je Zakonom o izbeglicama 1992. godine za obavljanje stručnih i drugih poslova koji se odnose na zbrinjavanje, povratak i integraciju izbeglica utvrđene ovim zakonom i s njima povezane upravne poslove. Usvajanjem Zakona o upravljanju migracijama 2012, nastavlja rad pod nazivom Komesarijat za izbeglice i migracije u skladu sa nadležnostima utvrđenim ovim zakonom i drugim zakonima. Širok je spektar delatnosti kojim se bavi Komesarijat. U svojoj osnovnoj misiji pomaže izbeglicama iz sukoba 1991-1995, interno raseljenim sa Kosova i Metohije, traga za nestalima u ratovima sa prostora bivše SFR Jugoslavije, radi na reintegraciji povratnika po sporazumu o readmisiji, obezbeđuje prihvat i smeštaj za tražioce azila i
stara se o integraciji lica kojima je odobrena međunarodna zaštita.